LYNETin tutkimusohjelmia on tässä vaiheessa neljä. Ilmastonmuutoksen tuki, Itämeri ja bioenergia ovat jo käynnistyneet. Tämän vuoden aikana suunnitellaan ensi vuonna aloittavaa kestävän maankäytön tutkimusohjelmaa. LYNETin ensimmäiset tutkimuspäivät järjestetään 2-3.12.2010 ja sen teemana on kestävä maankäyttö.

LYNETissä pyritään laitosten toiminnan yhtenäistämiseen ja yhdistämiseen palvelun laadun parantamiseksi ja tehostamiseksi. Esimerkiksi luonnonvaroihin ja ympäristöön liittyvän tiedon hallintaa ja saatavuutta parannetaan kehittämällä yhteistä datapolitiikkaa, tilasto-ohjelmia, paikkatieto- ja indikaattorijärjestelmiä sekä sähköisiä tietopalveluita. Myös seurantoihin suunnitellaan yhteisiä periaatteita ja seurantaohjelmien yhteistä toteutusta. Pilottina ovat biodiversiteettiseurannat.

Laboratoriotoimintaa rationalisoidaan. Laboratoriot ovat jo tehneet yhteisiä laite- ja tarvikehankintoja sekä kehittäneet yhdessä näytteenottojärjestelmiä, koulutusta ja analyysitietokantaa. Niin laboratorioille kuin muullekin toiminnalle on etsitty yhteisiä tilaratkaisuja, erityisesti yliopistopaikkakunnilla kuten Oulussaja Helsingin Viikissä.

Infrastruktuuria tehostetaan järjestämällä yhteistä kansainvälisen toiminnan tukea, liittämällä kirjasto- ja tietopalveluita osaksi yliopistojen tiedekirjastoja, kehittämällä henkilöstön osaamista yhteisesti sekä rakentamalla yhteisiä sähköisiä työskentelytiloja.