LYNETillä on neljä tutkimusohjelmaa
1) Ilmastonmuutos-ohjelma
ohjelman vastuuhenkilö Mikael Hildén (SYKE)
2) Itämeri-ohjelma
ohjelman vastuuhenkilö Jouni Lehtoranta (SYKE)
3) Bioenergia-ohjelma
ohjelman vastuuhenkilö Leena Paavilainen (Metla)
4) Kestävän maankäytön ohjelma, käynnistyy vuonna 2011, vastuuhenkilö Hilkka Vihinen (MTT).
LYNET-laitoksilla on myös laajaa yliopistoyhteistyötä. Yhteisprofessuureja eri yliopistojen kanssa on yli 30.
Lynet-tutkimusorganisaatioiden tutkimushankkeet löytyvät kätevästi Hankehaavi -palvelun avulla.
Lynet-tutkimusorganisaatioiden tutkimushankkeet löytyvät kätevästi Hankehaavi -palvelun avulla.